SICGPAE

Les missions de SICGPAE

Systèmes d'information, calculs, génotypes et phénotypes pour
l'animal dans son environnement

Le Cati SICGPAE sera en charge de la gestion de données acquises sur l’animal et son environnement, depuis le développement d’outils d’acquisition, jusqu’à l’ouverture de ces données, en passant par le stockage et le calcul statistique.

Il vise à structurer et renforcer les compétences numériques dédiées à la production et à la gestion des données de génotypage et de phénotypage sur l’animal et sur son environnement d’élevage.

Objectifs

Accompagner les communautés bénéficiaires dans la prise en compte du cycle de vie de la donnée
Développer et maintenir en condition de fonctionnement les différents dispositifs qui permettent l’acquisition, le stockage, le traitement et la mise à disposition des données
Garantir la sécurisation des données
Proposer des environnements de fouille de données et de calcul

Rejoindre notre CATI Contacter notre CATI

Thématiques scientifiques

Génétique

Physiologie animale et humaine

Agroécologie

Agronomie, sylviculture et élevage

Thématiques numériques

Développement web et applicatif

Automatisation des laboratoires et des workflows scientifiques

Science des données et Big Data (Python, R)

Interopérabilité et réutilisation des données

Hébergement d’applications et plateformes de calcul

Gestion de projet, méthodes agiles

Les communautés bénéficiaires

Toutes les communautés qui produisent et utilisent des données de phénotypage et génotypage de l’animal d’élevage et de son environnement utilisées principalement à des fins de recherche au sein d’INRAE sont les bénéficiaires potentiels des productions SICGPAE

Unités et départements	Catégories de personnels
Sont plus particulièrement concernés L’ensemble des personnels des unités UR/UMR et UE/IE des départements GA, Génétique animale et PHASE, Physiologie animale et systèmes d'élevages L'unité ASTER du département ACT, Action, transitions et territoires soit environ 38 unités Les productions du Cati dans des périmètres plus restreints peuvent également être mises à disposition d’autres départements INRAE	Suivant les projets et leurs services associés, différentes communautés seraient bénéficiaires des réalisations SICGPAE On peut citer Les ingénieurs et les chercheurs responsables de programmes de recherches utilisant des données produites dans les UE/IE, ou conduisant des protocoles dans les UE/IE Les ingénieurs et les chercheurs responsables de programmes de recherches utilisant des données hébergées dans la Base Nationale de Données Zootechniques (BNDZ). Ces données sont principalement collectées auprès des organismes d’élevage Les ingénieurs et techniciens travaillant à l’interface entre UR/UMR et UE/IE Le personnel des UE/IE en charge d’expérimentations ; Les scientifiques ayant besoin de mettre leurs données à disposition d’une autre communauté scientifique Les scientifiques responsables de projets (ANR, Europe …) nécessitant des développements informatiques (solutions de stockage, saisie de données, base de données, espace de collaboration, calcul, ouverture de données…) et leurs partenaires publics ou privés en France ou à l’étranger

Unités et départements

Catégories de personnels

Sont plus particulièrement concernés

L’ensemble des personnels
des unités UR/UMR et UE/IE
des départements
GA, Génétique animale et

PHASE, Physiologie animale et systèmes d'élevages
L'unité ASTER du département
ACT, Action, transitions et territoires

soit environ 38 unités

Les productions du Cati dans des périmètres plus restreints peuvent également être mises à disposition d’autres départements INRAE

Suivant les projets et leurs services associés, différentes communautés seraient bénéficiaires des réalisations SICGPAE

On peut citer

Les ingénieurs et les chercheurs responsables de programmes de recherches utilisant des données produites dans les UE/IE, ou conduisant des protocoles dans les UE/IE
Les ingénieurs et les chercheurs responsables de programmes de recherches utilisant des données hébergées dans la Base Nationale de Données Zootechniques (BNDZ). Ces données sont principalement collectées auprès des organismes d’élevage
Les ingénieurs et techniciens travaillant à l’interface entre UR/UMR et UE/IE
Le personnel des UE/IE en charge d’expérimentations ;
Les scientifiques ayant besoin de mettre leurs données à disposition d’une autre communauté scientifique
Les scientifiques responsables de projets (ANR, Europe …) nécessitant des développements informatiques (solutions de stockage, saisie de données, base de données, espace de collaboration, calcul, ouverture de données…) et leurs partenaires publics ou privés en France ou à l’étranger

Nos points forts

Un spectre de compétences étendu

Les compétences des membres du Cati couvrent l'intégralité du processus de gestion des données d'animaux de rente et de leur environnement depuis la production des données jusqu'à leur valorisation.

Pour en citer certaines :

Automatismes - mécanique - développement embarqué
Développement logiciel et administration de données
Gestion d’infrastructures logicielles et matérielles
Gestion de projets et mutualisation de pratiques
Calcul scientifique et statistique
Informatique de proximité

Elles représentant un appui numérique complet au bénéfice des communautés impliquées dans le phénotypage et le génotypage animal.

Des livrables organisationnels et techniques évolutifs

Le Cati porte des services et des projets techniques évolutifs en assurant aussi l'accompagnement des utilisateurs :

- Développement, maintien en conditions opérationnelles et support utilisateurs pour

les outils matériels et logiciels de collecte de données
les outils logiciels de gestion et d'exploitation des données animales et environnementales
les solutions de calcul et de stockage des données

- Interopérabilité entre Systèmes d'Information, en aval dans leur utilisation par les communautés utilisatrices, en amont pour la mutualisation des codes sources

- Le Cati étant issu de la fusion de deux Catis 3G, la réussite des activités, demande de produire également des livrables organisationnels efficaces dont la structuration est déjà amorcée.

Positionnement de SICPAE dans les orientations scientifiques

Insertion dans INRAE 2030, le Plan Données pour la science et les SSD :

Les activités SICGPAE participent aux orientations scientifiques d'INRAE 2030 sur l'OS1.1 en développant des outils de collecte de données sur l'animal et son environnement ; les données collectées et gérées par le Cati couvrent l'ensemble des thématiques de l'OS2 portant sur la transition agroécologiqiue et la transformation des systèmes.

Le Cati participe aux 6 objectifs scientifiques du Plan données pour la science en apportant un appui aux utilisateurs tout au long du cycle de vie de la donnée et en garantissant une maîtrise et une compréhension des risques à chaque niveau.

Il développe également des actions affin de répondre aux thématiques et défis identifiés dans les schémas stratégiques des départements GA et Phase principalement mais aussi ACT.

Quelques éléments de description supplémentaires

Composition

Ce Cati est très largement composé des agents des Catis 3G

CTIG (Centre de Traitement de l’Information Génétique) et
SICPA (Système d’Information et de Calcul pour le Phénotypage Animal)

Une organisation interne en 5 pôles

Afin de répondre efficacement aux objectifs fixés, tout en facilitant les interactions entre les agents et la dynamique de groupe, le CATI sera organisé en 5 pôles aux activités complémentaires, couvrant les principales étapes de la vie de la donnée et correspondant à des métiers spécifique

Acquisition automatisée de phénotypes		Systèmes d’Information
	Infrastructures
Calculs et analyses statistiques		Ouverture et interopérabilité des données

Transversalité avec d'autres Communuatés

Réseaux et communautés INRAE

Intercati - SAPI
Catis Connect - Micado - Codex - Iuman
AQ-métrologie
RDS - RDO
Infra animale Liph4sas

Liens avec des communautés externes à INRAE

BNDZ
au travers d'UMT : eBIS, STAR
CNRS, Purpan

Un aperçu des réalisations SICGPAE

Des outils de phénotypage et automatismes

Identification électronique
Distributeurs DAF, DAC, DH2O
Lecteur RFID LRP
Capteurs d'environnement + chaine remontée de données
Pesée
Parc de tri
Traceappli

Boitier ASB, Adaptateur Série Bluetooth
Encapsulation accéléromètres et synchronisation avec enregistrements vidéo
Développement d’une carte Piface
Multiplexeur RS232
Prototype nid électronique

Des systèmes d'information espèces, multi-espèces et supports

SI espèces

en intranet, lien vers réalisations SICPA

SICPA Bovins
SICPA Lapins
SICPA Ovins-Caprins
SICPA Poissons
SICPA Porcins
SICPA Volailles

SI multi-espèces

en intranet lien vers réalisations SICPA

SICPA Environnement
SICPA Expérimentations
SICPA Parcelles
SICPA Sanitaire et Alimentation // BEA
SICPA Webdistri

SI Supports