Les missions de Modelix

Les données issues de l’imagerie, du phénotypage et des approches multi-« omiques » représentent des sources d’informations complémentaires essentielles pour décrire les organismes vivants à différentes échelles et comprendre leur fonctionnement systémique. L’un des défis actuels est d’intégrer ces informations hétérogènes afin d’identifier les variables les plus déterminantes et à terme développer des modèles prédictifs robustes.

Grâce à son collectif pluridisciplinaire composé d’informaticiens, de mathématiciens, de statisticiens et de bioinformaticiens, issus de quatre départements scientifiques (BAP, MathNum, MICA et PHASE), le CATI Modelix a pour ambition de répondre à ces enjeux d’intérêt pour INRAE et plus spécifiquement pour ces quatre départements, en se structurant autour de quatre workpackages :

  • WP1 - Intégration de données et de connaissances ;

  • WP2 - Intelligence Artificielle pour le phénotypage multi-échelle ; 

  • WP3 - Visualisation de données hétérogènes ;

  • WP4 - Formation et, diffusion des connaissances et des productions.

Le CATI Modelix développe et met à disposition des méthodes, des outils, des logiciels et des formations adaptés à la modélisation des connaissances et à l’intégration de données hétérogènes dans les domaines microbien, végétal et animal, incluant des recommandations pour l’utilisation de l’Intelligence Artificielle.

Le CATI Modelix s’appuie sur les réalisations du CATI SysMics, telles que l’ontologie créée sur Bacillus subtilis, la description des processus cellulaires (y compris le réseau métabolique) chez Arabidopsis thaliana garantissant la croissance et la survie d’une cellule, l’étude des méthodes d’intégration de données « omiques », ainsi que les interfaces RFLOMICS et Genoscapist pour l’analyse et l’exploration de données hétérogènes. Ces acquis garantissent une continuité scientifique et facilitent le déploiement des compétences au sein du CATI.

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Thématiques scientifiques
Bioinformatique

Les communautés bénéficiaires

La communauté bénéficiaire principale est composée de l’ensemble des chercheu·r/se·s et ingénieur·e·s biologistes travaillant sur les organismes traités dans le CATI (ex. : A. thaliana, B. subtilis, B. taurus) et cherchant à comprendre, par exemple, les déterminants moléculaires du phénotype et de ses variations dans un organisme.

Les productions du CATI Modelix bénéficieront à une large communauté en mathématiques appliquées et informatique :

  • aux chercheu·r/se·s et ingénieur·e·s en informatique spécialistes de l’apprentissage (raisonnement automatique sur les ontologies, …), de la représentation des connaissances souhaitant accéder à la description des processus cellulaires ;

  • aux chercheu·r/se·s et ingénieur·e·s en bioinformatique et biostatistiques souhaitant :

    • avoir accès aux données génomiques hétérogènes et/ou structurées (réseau métabolique, réseau de régulation) ;

    • interfacer leurs algorithmes avec les ressources développées ;

  • aux chercheu·r/se·s et ingénieur·e·s en modélisation travaillant sur les organismes traités dans le CATI.