Les missions de eMPrEInTE
Le collectif d’Empreinte a pour objectif de développer et mettre en œuvre des méthodologies innovantes et des outils d’analyse, d’interprétation et d’intégration biologique, ainsi que des approches d’intégration statistique de données dans les domaines de la nutrition, en santé, en science des aliments et science des plantes.
Cinq piliers ont ainsi émergé :
1. Traitement du signal et des images : Extraction et caractérisation d’informations à partir de données complexes, issues d’analyses omiques ou d’imagerie. Ce pilier couvre les approches de prétraitement, de filtrage, de transformation des signaux pour en extraire des descripteurs pertinents.
2. Analyses statistiques et intégration de données : Application et développement de méthodologies statistiques, descriptives ou inférentielles, pour l'analyse ainsi que l’intégration de données multi-sources / multi-blocs (métabolomique, protéomique, phénotypage, etc.). Ce pilier inclut l’usage de méthodes d’apprentissage supervise ou non supervise, et d’approches d’apprentissage profond adaptées aux spécificités biologiques.
3. Représentation et exploitation des connaissances : Mise en œuvre de méthodes de structuration et de formalisation des connaissances a travers la construction et l’intégration de graphes de connaissances, l’utilisation d’ontologies et l’exploitation des technologies du Web sémantique et du traitement automatique du langage naturel pour l’enrichissement et la valorisation de ces connaissances.
4. Qualité et gouvernance des données : Ce pilier vise a garantir la qualité, la tracabilité, la sécurisation et interopérabilité des données mobilisées dans les trois autres axes. Il s’appuie sur la connaissance des contraintes, des structures et des métadonnées associées aux jeux de données afin d’améliorer leur fiabilité, leur potentiel d’intégration et leur réutilisation.
5. Infrastructures informatiques et Développement d’applications informatiques : Les quatre axes thématiques bénéficient d’un environnement propice aux productions, grâce à des compétences transversales en administration des infrastructures informatiques, notamment le cloud, les clusters Big Data et le stockage de données scientifiques, ainsi qu’en développement d’applications (API et interfaces web). Ce pilier vise à assurer la cohérence technique et méthodologique des actions des autres axes et à favoriser la mutualisation des ressources informatiques du collectif. Cet axe contribue également à la montée en compétences de l’ensemble des agents sur les expertises techniques.
Les communautés bénéficiaires
Par son action en recherche et développement, le CATI souhaite accompagner les communautés scientifiques bénéficiaires dans l’exploitation et l’exploration de données complexes obtenues dans le cadre d’études de cohortes prospectives ou rétrospectives avec une spécialisation autour
i) des données de phénotypage moléculaire (profils omiques divers)
ii) des données humaines (anthropométriques, biologiques, socio-économiques, d'habitudes
de consommation)
iii) des données alimentaires (composition nutritionnelle macromicronutriments, caractéristiques physico-chimiques
iv) des données issues de matrices végétales (composition chimique, métabolomique, propriétés fonctionnelles).
eMPrEInTE est ainsi un outil au services des équipes de recherche des départements ALIMH, BAP, TRANSFORM et SPE, avec un focus auprès des scientifiques utilisant des approches omiques (protéomique, métabolomique, imagerie) ou des modèles intégratifs impliquant des données multi-sources (données de différentes natures, ou issues de différents compartiments biologiques) ou des réseaux métaboliques (processus métaboliques et physiques qui déterminent les propriétés physiologiques et biochimiques d'une cellule voir d’un organisme), sur des objets relevant de la santé et de la nutrition humaine, ainsi que des sciences du végétal, incluant la santé et la protection des cultures.
eMPrEInTE accompagne des infrastructures scientifiques collectives INRAE partenaires (PFEM, AXIOM, LABERCA, BIBS, P2M2, PMB, ChemoSens,...) en soutenant leurs besoins en outils de traitement, integration, visualisation des donnees mais aussi en formations.
eMPrEInTE souhaite devenir une pepiniere de ressources pour de futures e-infrastructures et infrastructures de recherche nationales telles que MetaHUB, CALIS, ProFI et IFB.