L'IA DeepLearning pour la prediction des structures de gènes

Le but est d'échanger autour des outils d'annotation automatique de gènes via des réseaux de neurones. Pour cela, des tests/benchmarks d'outils sont faits ainsi que des discussions autour des publications de nouveaux outils.

Depuis son lancement, le groupe de personnes intéressées du CATI BARIC se sont retrouvées:

1er visio le 29/10/2025

• Journal club papiers Helixer: Helixer model  + Helixer_post_bin (N.Lapalu)
• Fine-tuning Helixer (L.Legrand)

2eme visio le 18/06/2026

• Retour exp (A.Chathuant et D.Gilardot) – annotation des récepteurs olfactifs d’insectes 

• Retour exp (N.Lapalu) – annotation fungi - Helixer vs Tiberius vs Annevo

• Discussion / présentation papier Annevo  (C.Couture et F.Legeai) : 

  • https://www.nature.com/articles/s41592-026-03036-7

  • https://communities.springernature.com/posts/closing-the-annotation-gap-with-annevo

  • https://github.com/xjtu-omics/ANNEVO 

  • architecture Helixer/ Tiberius (CNN/biLSTM) vs Annevo (Transformer).

• Discussion mini-symposium annotation JOBIM 2026

   

L'ensemble des présentations des visios sont disponibles ici.